汤逊投资有限公司董事长汤柏荣的女儿汤倩文从外国回港，发觉家中发生巨变，母亲神秘死亡，哥哥被判入狱，而家族生意的控制权则落入了一个与其父有着不寻常关系的女人周咏诗手上。倩文回港不久，险些遭人绑架，但由于犯罪集团的失误而逃过一劫，期间更与被卷入绑架案的小偷王志祥及的士司机叶启泰攀上关系。犯罪集团随即从外地聘请神偷冯永来港，与叶启泰及王志祥合作，计划盗走由汤逊投资有限公司承保，价值连城的古董。岂料倩文机警地设下圈套令冯永等三人自投罗网，卷入汤家的家产争夺战中。
香港SARS疫潮过后，人们终于从阴霾中走出来。脑外科医生程至美（吴启华饰）突然得知前女友的死讯，情绪崩溃，极度自责抑郁。法医岑雅晴（黎姿饰）伴其左右，鼓励他重新建立信心。急症室医生黎国柱（林保怡饰）结束了与女友的恋情，却卷入与骨科医生叶淘（吴美珩饰）及见习医生曾淑淇（廖碧儿饰）的三角恋中。不幸感染SARS的心脏科医生林敏智（陈豪饰）留下后遗症，为保全名声而隐瞒病情，却令病情日益恶化。妇产科医生万安生（邵美琪饰）与急症科医生向众仁（曹永廉饰）正计划共同生活，然而却因护士戴玉莹（姚嘉妮饰）的介入而面临一场情感考验。由香港无线电视制作的现代时装医务纪实电视剧《妙手仁心3》是《妙手仁心》系列的第三辑，监制戚其义与编剧周旭明的黄金组合更是精心打造此辑“妙手系列”。此辑剧集在风格上延续了前两辑经典之处，一如既往的得到医务人员协助实景拍摄，继续讲述医护人员在工作中的点滴故事。
故事发生在一个风景秀丽的南方小镇之中，连双春（关咏荷 饰）和汪若岚（米雪 饰）相依为命，两人经营着一间小酒馆，却因为连双春糟糕的厨艺和汪若岚的精神错乱而几乎门可罗雀。马永祯（郭晋安 饰）是四处招摇赚骗、骗吃骗喝的小混混。某日，他遇见了汪若岚，被后者当成了“大师兄”而反复纠缠，又与连双春产生了矛盾，于是，为了报复，马永祯决定前往连双春的小酒馆工作，借此敛财。哪知道，一场意外让小酒馆背负上了巨额债务，还惹了一身的官司，与此同时，马永祯亦于偶然之中发现，连双春和好友梁九妹（郭政鸿 饰）竟然就是自己的童年玩伴，三人曾经有过至深的情谊。于是，马永祯一改往日的无赖嘴脸，决定帮助连双春。
《致所有愛過的人》（原名《禍後》），該劇由林文龍及黃翠如主演，劇中亦有連詩雅、黃嘉樂、馬貫東、謝芷倫、麥皓兒以及顧定軒等人參加。
宁日照 (吴孟达) 与弟日朗 (张兆辉) 相依为命，肩负父母之职，靠象牙工场维持生计，日常生活得邻居杨晓葵 (商天娥) 照顾，晓葵对日照日久生情。日朗与好友翁聿修 (罗嘉良) 同在一运输公司任职，两人对新来的女同事谷领弟 (锺淑慧) 均心怀好感，日朗为成全聿修无奈放弃，而领弟实对日朗有意，在朗情绪低落时加以劝慰，感情渐进。日照得悉晓葵心意後，借机回乡躲避，竟重遇当年梦中情人阮乔 (陈美琪) ，爱火重燃，以真情打动乔并申请其来港结婚，同时亦与父宁元敬及妹日嘉重聚，一家团圆，惜象牙禁运，日照顿血本无归，元敬父子情深替照还债，而阮乔望出外工作以帮家计，与日照产生磨擦，婚事搁置。
O记沙展天宝（林宝怡 饰）在酒吧重遇了当日杀死妻子刑满释放的道友强，忍不住将打得他重伤入院。随后，城中富商纪中南（曾江 饰）的独子彦祖（马浚伟 饰）遭绑架，天宝在监视绑匪刘英勇的情妇石小玉时发现了他们收藏人质的地点，马上前往营救人质。匪徒在收到了赎金后得知了天宝正在前往营救人质，于是企图引爆炸弹将他和人质炸死，幸好天宝最后关头救出了彦祖。纪中南十分感激天宝，两人成了朋友。这日宝在差馆再遇道友强，借落口供又打了他一顿，岂料因此而被逼自动辞职。好友正杰（张兆辉 饰）邀请天宝加入自己的保安公司，但天宝觉得不合适拒绝了。随后，天宝想自己做生意却又处处碰壁。这天，纪中南想请保镖，正杰知道天宝和他的关系，于是请天宝前往纪中南处为自己的公司作推荐。
宋仲基与徒弟邝港生是两大投资银行家，但港生为利益不择手段，两师徒走向决裂。仲基专横自大，却因一次坠机意外变成「90后」的包豹，被迫与阿姨包美娜同居，又怀疑妻子凌洁茹跟港生出轨。迷惘之际，仲基巧遇刘行，有感惺惺相惜，并联同他寻找回复真身之法。仲基为重拾昔日光景，审时度势，决与银行界名门尚家有血海深仇的港生，以及欲报契爷之仇的刘行联手，兵分三路混入尚家「做世界」，引发一场跨越世代的惊天风波!
商场大亨乐家的儿子乐言（万梓良 饰）在美国留学期间，因为一起误杀罪被盼入刑七年。
留美科学家蒋晋(陈欣健)，终日埋首研究复制人，其妻无法忍受，决定携子下堂求去，蒋晋无法挽回，竟将儿子嘉伟(梁朝伟)复制，交给妻子带回香港。后来，蒋晋亦携子回港发展，与女医生程诗华(欧阳佩珊)合作开诊所。诗华自幼在孤儿院长大，后得电脑奇才刘汉忠(冯淬帆)帮助，完成医科课程。诗华除有自己诊所外，亦担任儿童院的义务医生。儿童院内有一性格孤僻之少年张嘉伟(梁朝伟)，诗华觉他与自己童年时很相似，逐决心开导他。原来张嘉伟即蒋晋的复制儿子，原来其母去世后，他举目无亲，被送入孤儿院。院内另有一少年黄大勇，性情顽劣，诗华对他亦循循善诱。时刘汉忠与蒋晋正秘密研制复制人，一日，黄大勇撞车受重伤，两人见大勇将死，遂复制他作试验。期间，蒋晋亦发现了张嘉伟乃其复制儿子，更发觉他为人纯品、敦厚老实，与其自小缺乏教导，误入歧途的亲生儿子实有天壤之别。究竟蒋晋最后如何面对这两个儿子，而当复制儿子知道事实后，又如何面对自己的身分呢？
文明（江欣燕）和饺子（郭晋安）两兄弟自小隐居山林，与外世隔绝。义父死后，决意闯荡江湖，两个无知少年乌龙百出。后来两人进入秋山派，拜司马行空（白彪）为师，大师兄达生平（陶大宇）不被行空信任，故谋夺掌门之位，并对师妹宋婉儿只视作玩物，无心理会。文明聪敏好玩，与咏咏(黎芷珊)和洛静琳（陈佩珊）成斗气冤家；饺子忠直习武有成，可惜被误当杀人凶手，遭正派追捕，幸得红叶教教主毛语问收留，其养女素素（刘秀萍）更钟情于饺子。此时文明被揭发是行空的私生女，遂被逼学作女人。咏与琳痛斩情丝，师兄胡刚却展开追求，而文明与饺子渐发展成爱侣。秋山派与红叶教正邪不两立，平暗中煽动两派互攻，做收渔人之利。但却令夹于两派的文、饺陷于苦恋。他两不容平奸计得逞，决联手对付
林思恩（陈敏儿）是个表面独立而坚强的职业女性，喜爱小孩和带点神经质。恩由于太过专注工作而无暇谈恋爱，直至她三十过后，自知事业再难有突破，此时旧情人Donald（戴志伟）出现，俩人旧情复炽，恩最后更怀孕，但Donald有妻子的身份终被悉破，恩几经思量，终决定把孩子生下来……与恩同住的表妹李嬣（刘美娟），活泼坦率，爽朗而积极。嬣因学生与男友Louis（潘文柏）有孕，而认识到在家计会工作的龙创天（林尚武），并对他十分倾慕；天为人颇平庸老实，而有少许害羞，而天却一直钟情于恩，再加上嬣父（刘江）与天姑姐（吴浣仪）这对欢喜冤家热心促成年青人婚姻，令这段三角恋情日益复杂。另一方面，天的好友吕小乔（周国麟），性格乐天而热心，可是过份温柔而令他屡尝失恋滋味，后来与嬣走在一起，并且更擦出爱情火花，终成眷属。而恩这个不婚妈妈在天与Donald之中，又如何作出抉择呢？
Jackie（蔡少芬 饰）罹患脑癌后一直昏迷，程至美（吴启华 饰）一直守候照顾。至美的用情专一深深感动了同一所医院的医生何心研（蒙嘉慧 饰）。富家女出身的心研跟风流医生林敏智（陈豪 饰）本是恋人，遇上了至美才让她看到了细水长流的爱情。江满月（苏永康 饰）因爱滋病逝世，姐姐新月（陈慧珊 饰）伤心欲绝，黎国柱（林宝怡 饰）在身边给予安慰，两人之间的爱情再次滋生。好景不长，国柱与助手阮朗平（陈洁仪 饰）日久生情了。朗平后来觉得对新月十分歉意，独自离开了香港。不久国柱知道朗平怀孕了，便推测自己是否孩子的父亲，情急之下把真相告诉了新月…
剧集以隐形任务战略部队及反恐特勤队作为剧集主题，讲述一众反恐精英与不法份子掀起连场激斗的故事。
